A doença é causada pelo protozoário T. cruzi, caracterizado pela presença de um flagelo. No sangue dos vertebrados, o T. cruzi se apresenta sob a forma de tripomastigota, que é extremamente móvel, e, nos tecidos, como amastigotas. No tubo digestivo dos insetos vetores, ocorre um ciclo com a transformação do parasito, dando origem as formas infectantes presentes nas fezes do inseto.